新幹線を利用するときに通る改札は、新幹線専用の改札と在来線改札からの乗り換え口があります。
特に用がなければ近くにある改札を通ると思いますが、大きな駅だと改札内にお土産や弁当のお店があったりして、在来線の改札内に寄ってから新幹線の改札を通ることもあります。
その時、切符があれば改札に通して入場しますが、ついSuicaなどの交通系ICカードで通ってしまった場合どうすればいいのか、先日一緒に新幹線に乗った友人がやってしまったのでここに残しておこうと思います。
結論 切符を入れてタッチ

はい、さっそく結論です。
持っている乗車券と新幹線特急券を在来線の改札内にある新幹線乗り換えの改札に入れ、その後すぐにSuicaなどをタッチすれば在来線改札の入場記録が取り消されます。
その後特に駅員さんに処理してもらう必要もありません。意外とすんなり。
これ知らなくて、改札の駅員さんに聞いたら教えてくださって、上手くできてます。一回取り消してもらわないといけないものだと思ってました。
大事なのは、切符を入れてからSuicaをタッチです。逆だとブーって止められます。
もしかしたら切符を入れただけで通れるのかもしれませんが、これだと入場記録がSuicaに残ってしまい、次に使うときに取り消し処理してもらう必要あります。
急いでいる時に起きてしまうと大変なので確実にタッチしておきましょう。
これスマートEX使う時と同じやり方だ

東海道・山陽・九州新幹線を利用する際に使うスマートEXというサービスがありますが、これを使う時も同じような通り方をします。
スマートEXは新幹線に乗る間のIC切符なので、乗車駅が在来線の駅の場合は新幹線に乗車する駅までの切符が必要になります。
乗車駅がSuica対応の自動改札なら関係ありませんが、私のように最寄り駅に自動改札がなく紙の切符を買う必要がある場合、新幹線の改札を通る時に先に切符を入れてSuicaをタッチします。
知っていれば焦らない

私は旅行が好きで新幹線もよく利用するので調べたり駅員さんに教えてもらったりで、たぶんあまり旅行などの遠出しない人よりは色々知っているのでしょうが、人と行動してるとまだまだ知らないことがたくさんあるなと改めて思います。
この件も知っているひとからすれば当たり前なのでしょうが、自分じゃやらないパターンで知らなかったので書き残しておきます。